一、芯片检测流程

样品质检-项目确认-芯片实验-数据分析

二、样品要求

• DNA样品送样要求：

1． 甲基化芯片DNA浓度大于100ng/ul，SNP芯片DNA浓度大于50ng/ul。浓度没有上限，但我们建议浓度控制在500ng/ul以下，以避免定量、稀释和移液误差。

2． DNA样品体积大于30ul。过小的体积，水分会在运送和保存过程中蒸发过多，造成DNA样品定量、取液困难。

3． DNA总量大于2ug（少于该量请注明原因）。这个用量考虑了纯化所需的最少用量。总量过少会造成DNA纯化后浓度不达标，直接影响芯片的结果。

4． 请送样前自检，确定DNA的吸光度260/280比值在1.7-2.0之间,琼脂糖电泳须有大于10Kb的明亮的单一条带，无RNA无蛋白污染。比值在规定的范围内表示DNA的纯度较好；电泳条带越明亮，尺寸越大说明基因组DNA的完整性越好。

5． 请附送一管DNA样品溶解介质。即空白溶剂样，以方便检测和稀释样品。

6． 请务必保证样品运送过程中温度保持在4度以下，夏季以干冰运送为好。过高温度可能会造成DNA部分降解，影响芯片结果。

7． 如果是中长途运输、或空运需将样品管口包裹封口膜，以避免气压问题造成的样品挥干和其他污染损失。

• 血液样品送样要求：

1. 体积大于0.5ml。

请在血液采集后2小时内分离出白细胞，-80度保存，可有效提高DNA提取效率。未抽提白细胞的全血可在-80度存放（需逐级降温），存放前将全血分装成小体积（如0.5ml），减少全血融冻次数，可有效防止DNA产率降低。4度存放血液的时间以不超过一星期为好（仅适用于DNA提取），过长时间将显著降低DNA提取效率。建议采用EDTA抗凝剂，避免使用肝素抗凝。没有保护的常温保存超过2天或4度保存超过一周的血液， DNA提取质量无法保证。

2. 请用干冰运送血液样品，避免在运送过程中融化。

• 组织、细胞样品送样要求：

1. 组织样品总重量大于30mg；单个组织块重不大于30mg。单个组织块较小方便直接称量提取DNA，避免切割样品过程中可能造成的DNA降解。

2. 组织采集后用液氮急速冷冻,有利于较好保存DNA，获得较好的DNA质量。

3. 细胞样品请保证细胞个数在1X106-1X107之间。

4. 建议先用Trizol充分裂解细胞/组织，然后可用干冰运输。

5. 浸泡于Trizol中未裂解的细胞/组织样品，DNA没有受到完全保护，无法保证提取DNA的质量。

三、illumina BeadArray SNP分型芯片的特点

1. 密度高信息量大

BeadArray芯片密度高，9平方毫米的面积上有5万个不同类型的微珠，一张芯片最多可容纳300k特异性标记的微珠。 

2. 需要样本量少，成本低
illumina芯片面积小意味着需要的标记样品量少，反应所需样品量仅为250ng；全基因组分型芯片仅为750ngDNA。

3. 重复性好
由于标记的微珠混合均匀，且是自行组装的，不存在点样误差，每张芯片在解码时都通过杂交进行质量控制，illumina对不同304,556个SNP进行了对照实验，结果显示304,511个SNP无差异，重复性达到了99.99%。

4. 实验成功率高
BeadArray技术是利用编码序列间接杂交的。所有的编码序列都经过特殊设计，具有近似的杂交温度，退火温度以及CG含量稳定等特点，杂交效率很高。所以，使用微珠芯片进行基因分型实验的成功率极高。对2,267,188个SNP进行分型，其中只有1,432个基因型未被检出，实验成功率达到了99.94%。

5. 准确性好
对BeadArray芯片得到的1,940,990个SNP结果进行分析，从中只发现发了97个SNP有孟德尔遗传错误和578个基因重组错误。其孟德尔遗传错误率只有0.0049%，基因重组率错误只有0.029%。

6. 芯片格式灵活多样
客户可根据样本量以及SNP位点数量来确定使用何种格式的芯片。

四、芯片种类

1. 人类基因分型芯片（Human Genotyping）

illumina 的人类基因分型芯片，可支持全基因组、靶向基因组和外显子组的分析。由业界领先的BeadArray和Infinium检测技术所支持，它们可提供出色的数据质量和高密度的基因组覆盖。您可以选择专家定义内容的即用型 BeadChip 芯片，联盟开发的特定应用芯片，定制或半定制芯片，以满足特定的研究需求。

2. 非人类基因分型芯片（Non-human Genotyping）

illumina 为其它物种的生物提供一套完整的基因分型芯片产品。对于作物、牲畜和模式生物，目前有即用型的 BeadChip 芯片方案可供选择，它们利用专家精选和联盟开发的内容。对于那些尚未开展遗传研究的生物，可利用已知或疑似标记创建定制的 iSelect 芯片。这些 BeadChip 芯片支持高通量的多重处理， 适合大量样品的研究，以每个样品的低价格带来高质量的数据。

3. 人类甲基化芯片（The Infinium MethylationEPIC BeadChip）

DNA 甲基化对生命过程起到非常关键的作用，是基因精确调控的方法之一。在哺乳动物基因组中，DNA 甲基化是指 CpG 二核苷酸中的咆嘧啶第 5 位碳原子被甲基化。另外 DNA 甲基化是一种基因外修饰，不改变 DNA 的一级结构，它在细胞正常发育、基因表达模式以及基因组稳定性中起着至关重要的作用。基因的非正常甲基化往往和疾病关联，如肿瘤（抑癌基因的沉默）；精神性疾病（Rett 综合症）；X- 染色体沉默；自身免疫疾病等。DNA 甲基化已成为当前分子生物学的研究热点之一。研究者对通量更高、覆盖更全、性价比更高的甲基化芯片服务的需求更为迫切。

The Infinium MethylationEPIC BeadChip 甲基化芯片全面覆盖表观基因组的关联研究，可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的甲基化位点，包含三种规格试剂盒：16、32、96 样本。

4. 各类定制芯片

⑴ 客户定制芯片

定制流程

a. Input File Type：客户将挑选好的位点信息（在基因名称、染色体区域、序列信息、rs 号、CNV 区域这五类信息中选其一）提交给我们。

b. Assay Design Tool（ADT）：Online 软件（ADT）对位点进行评分。

c. Score File：提供评分文件，除位点成功率预测外，软件还同时提供以下信息： 状态验证 (validation status)、 最小等位基因频率等。

d. 客户根据评分文件对位点进行调整。

e. 下单订购

⑵ 联盟定制芯片

illumina 从整合资源的角度出发推出了许多联盟定制芯片，这些芯片是由联盟成员选择定制芯片的位点，并承诺订购相应数量的芯片。这样做大大提高了样本数量，从而降低了单个样本的成本。目前已组成了多种人类和动植物的联盟。由于整合了联盟成员的资源，使得每个联盟参与者都受益。illumina 所有的芯片都旨在使研究工作更快更好，推进高价值方法的开发，并在现实世界中迅速实施这些应用。如果您希望参与一个联盟，或有意发起一个新联盟，可直接与我公司的代表联系。

* 状态备注：

开放：开放的联盟产品可直接订购。

封闭：封闭的联盟产品需通过联盟领导者的准许后订购。

召集中：由 illumina 或其它研究机构发起希望组成的联盟。